Pour changer c'est "simple", il faut tout vider (en conservant un maximum d'eau dans des bidons), mettre le substrat et soit en profiter pour changer le gravier, soit simplement le nettoyer.
Pour un gros bac c'est une bonne après midi de boulot.
3ans ce n'est pas énorme, à mon avis ton substrat peut encore largement tenir quelques années.
Surtout qu'avec le temps les déchets qui se déposent dans ton gravier créés un substrat naturel.
Après si tu as l'impression que tes plantes poussent moins bien, tu peux rajouter de l'engrais liquide.